La sobreexplotación de los recursos naturales se produce cuando se extraen los organismos o se explota los ecosistemas a un ritmo mayor que el de su regeneración natural. Por lo tanto, son varias las actividades que ocasionan este problema. El mayor impacto de la sobreexplotación es la pérdida de biodiversidad, es decir, la extinción del recurso, lo cual tiene otras consecuencias, tanto ambientales -por ejemplo la interrupción de la redes tróficas- como socioeconómicas, pues se pierde un fuente importante de ingresos y se deteriora la seguridad alimentaría, entre otras secuelas. En el Ecuador hay varios ejemplos de sobreexplotación; son muchas las especies y ecosistemas marinos, terrestres y dulceacuícolas que han sido y están siendo explotados desmedidamente hasta el punto que han desaparecido o están a punto de hacerlo. En el caso de las especies marinas, las actividades pesqueras industrial y artesanal se caracterizan por el aprovechamiento desmedido de los recursos. Por ejemplo, a principios de la década de 1980 se sobre pescaba Macarela, por lo cual a principios de la década de 1990 los volúmenes capturados disminuyeron notablemente. Lo mismo ha sucedido con la Sardina: en 1986 se llegó al pico máximo de captura: cerca de un millón de toneladas métricas. Pero a partir de ese año las capturas disminuyeron considerablemente y paulatinamente, hasta menos de 100.000 toneladas métricas a partir de 1990. La causa de este desastre: la sobreexplotación. Otros casos de especies marinas explotadas sin control son el de los pepinos de mar en Galápagos y de las larvas de camarón en la Costa.
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