La destrucción y fragmentación de los hábitats es el problema ambiental más grave en el Ecuador y en el mundo; por eso es considerado la mayor amenaza para la conservación de la biodiversidad y la principal causa de extinción de las especies silvestres. Esta destrucción o fragmentación ocurre cuando los ecosistemas naturales son intervenidos para llevar a cabo diversas actividades, por ejemplo cuando se desvía el curso de un río, cuando se drena un humedal, cuando se construye una carretera, o una represa, cuando se deforesta un bosque, etc. Algunas actividades humanas que originan la destrucción y fragmentación son la extracción de la madera, expansión de las fronteras agrícolas, la apertura de vías y la ampliación de los centros urbanos, los derrames de petróleo, la construcción de camaroneras en detrimento de los manglares y estuarios, etc. La especie humana ha transformado entre el 40 y el 50% de la superficie terrestre mundial no cubierta por hielo en centros urbanos y agroecosistemas, y también en desiertos. Quizá lo más grave de está transformación es que sus impactos son irreversibles en el corto y mediano plazo; a veces para siempre. Por ejemplo, la fragmentación y destrucción puede alterar el clima local (variación de las lluvias, aumento de las radiaciones y viento), como ha sucedido en la provincia de Loja, donde la desaparición de los bosques ha disminuido las lluvias y ha permitido el avance del desierto. Esto ocurre porque es precisamente la cubierta vegetal la que se encarga de acumular el exceso de agua lluvia como una esponja para luego liberarla poco a poco; cuando se la destruye, el agua no es retenida y las épocas secas se prolongan.
En el Ecuador hay un sistema de áreas protegidas cuyo objetivo es lograr la conservación de la biodiversidad. Sin embargo, ello no es suficiente. Es necesario restaurar bosques que funcionen como corredores ecológicos entre estas áreas y permitan el flujo de especies. También es esencial detener la deforestación, cuyas consecuencias son graves. Habrá que ver si la élites están dispuestas a hacerlo; habrá que vencerlas de que esa es la única forma de garantizar que un país tan rico en recursos como el Ecuador seguirá siéndolo en el futuro.
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